Sejarah Berdirinya Madrasah Aliyah Negeri (MAN) 1 Pati
Sejak akhir tahun 1940-an, Departemen Agama mulai menyelenggarakan sekolah-sekolah Agama seperti SGHA dan PHI dan seterusnya IAIN, yang kemudian setelah kemerdekaan banyak pesantren menyesuaikan diri yaitu dengan menyelenggarakan pendidikan formal terutama madrasah, disamping tetap meneruskan system lama berupa system wetonan dan sorogan, sekalipun pada akhir tetap tidak menarik minat masyarakat kecuali pondok pesantren tertentu yang sudah terkenal, di samping madrasah, pondok pesantren juga terpaksa banyak yang ikut menyelenggarakan jenis madrasah yang sama seperti yang diselenggarakan Departemen Agama, terutama PGA, adalah jenis sekolah yang khusus menyiapkan calon-calon guru agama, apalagi PGA Negeri dengan fasilitas ikatan dinas, sehingga seseorang sudah terjamin akan diangkat menjadi Pegawai Negeri (guru Agama) dengan melihat peluang dan tetap didasari iman.
Dalam rangka siar Islam di kota Pati, serta ditambah kondisi minimnya pendidikan dan pengetahuan agama masyarakat kota Pati, dengan tekad yang bulat ulama-ulama Pati, antara lain Bapak KH. Muhammadun Daiman (Almarhum), Bapak Eko Mawardi, Bapak K. Markum, Bapak Iskandar, dan lain-lain. Atas dukungan PC NU Kabupaten Pati tahun 1958 mendirikan PGALNU (Pendidikan Guru Agama Lengkap Nahdlatul Ulama) di Jl. KHA. Wahid Hasyim Pati dan selanjutnya mengalami perubahan nama maupun pengelola. Hingga tahun 1971 PGSLNU berubah menjadi PGA Islam Pati. Mulai tahun 1973 PGA Islam Pati menempati 2 lokasi yaitu di Jln. KHA. Wahid Hasyim dan di Masjid Agung Pati hingga tahun 1975. Karena Masjid Agung di Renovasi, kemudian atas prakarsa Bapak Rustam Santiko (Bupati Pati saat itu), membeuat gedung di Rondole, Muktiharjo, Margorejo, Pati (sekarang Jln. Pratomo), untuk seterusnya ditempati PGA 4 tahun sebagai embrio dari MMP (Madrasah Menengah Pertama) yang pada akhirnya pada tahun 1979/1980 PGA Islam dihapus atas instruksi Pemerintah dalam hal ini Departemen Agama, menjadi MMP (MTs Islam Pati) dan MMA Islam (PGA 6 tahun, Pati).
Untuk menarik minat masyarakat kota Pati dan sekitarnya Madrasah Menengah Atas adalah sama dengan Sekolah Menengah Atas yang berciri khas Islam.
Tahun 1983/ 1984 MMA berubah menjadi MAN Semarang Filial di Pati, yang menempati jalan Wakhid Hasyim, Pati karena jumlah siswa selalu mengalami peningkatan maka tahun 1985/ 1986 pindah ke Rondole, Muktiharjo (sekarang Jln. Pratomo).
Dibawah pengelolaan Yayasan Wahid Hasyim dengan prospek yang membanggakan oleh Yayasan pada tahun 1991/1992 tepatnya tanggal 11 Juni 1991 pengelolaan MAN Semarang Filial di Pati diserahkan kepada Departemen Agama / di-Negerikan menjadi MAN Pati. Dua tahun kemudian disusul MAN Semarang Filial di Tayu menjadi MA Negeri 2 Pati dan MAN Semaranga Filial Pati Menjadi MA Negeri 1 Pati sampai sekarang.
Dan semakin berperannya BP.3 dan kemudian Komite Madrasah, selanjutnya menempati kampus baru yang terletak di Jln. P. Sudirman KM 3. Pati
Dengan segala keterbatasan MA Negeri 1 Pati dalam tiga tahun terakhir mampu mengukir prestasi baik di tingkat Kabupaten sampai tingkat Nasional, prestasi tersebut antara lain :
| No | Kejuaraan | Juara | Tahun |
| 1 | Turnament Taekwondo under 49 Kg putra junior KAPOLRI CUP se Indonesia | 1 | 2018 |
| 2 | Lomba Menulis cerpen MAPK FAIR tingkat nasional | 1 | 2018 |
| 3 | Lomba kreativitas dan inovasi masyarakat tingkat provinsi Jawa Tengah | 1 | 2018 |
| 4 | Open tournament pencak silat yogyakarta Championship 4 tingkat nasional | 2 | 2018 |
| 5 | Lomba Karya Tulis Ilmiah tingkat Jawa Tengah | 1 | 2018 |
| 6 | Lomba Karya Tulis Ilmiah tingkat kabuipaten Pati | 1 | 2018 |
| 7 | lomba video vlog dalam rangka hari lanjut usia nasional | 1 | 2018 |
| 8 | Lomba taekwondo under 46 kg putri POPDA SMA/ MA sederajat | 2 | 2018 |
| 9 | Kejuaraan pencak silat Pati Open Cup kab. Pati | 2 | 2018 |
| 10 | Tenis meja putra POPDA Kab. Pati | 3 | 2019 |
| 11 | Tenis meja putri POPDA Kab. Pati | 2 | 2019 |
| 12 | Taekwondo under 59 kg putri POPDA Kab. Pati | 1 | 2019 |
| 13 | Taekwondo under 55 kg putri POPDA Kab. Pati | 2 | 2019 |
| 14 | Taekwondo under 63 kg putra POPDA Kab. Pati | 3 | 2019 |
| 15 | Taekwondo under 52 kg junior putri Pati Open | 1 | 2019 |
| 16 | Taekwondo under 80 kg junior putra Pati Open | 1 | 2019 |
| 17 | Lomba Karya Tulis Ilmiah sejarah | 1 | 2019 |
| 18 | National Education Science Olympiad (Neso) Student online 2020 | 1 | 2020 |
| 19 | Lomba MTQ Pelajar XXXVI dan STQ umum XXVI | 1 | 2020 |
| 20 | English Competition BSO jenjang SMA/ MA se indonesia | 1 | 2020 |
| 21 | Juara 1 lomba DAI/ DAIAH UIN Sunan Ampel tingkat nasional | 1 | 2020 |
| 22 | Juara 1 lomba DAI Bahasa Arab tingkat provinsi | 1 | 2020 |
| 23 | Juara 1 lomba video pendek pemanfaatan alam tingkat nasional | 1 | 2020 |
| 24 | Juara 1 lomba ilmu kebumian tingkat nasional | 1 | 2020 |
| 25 | Juara lomba tilawah tingkat nasional | 2 | 2020 |
| 26 | Juara lomba tilawah tingkat nasional UNISMU Semarang | 2 | 2020 |
| 27 | Juara KSM online POSI jenjang SMA/ MA/ SMK se indonesia | 2 | 2020 |
| 28 | Lomba mapel biologi OPSI jenjang SMA/ MA/ SMK tingkat nasional | 2 | 2020 |
| 29 | Lomba Neso mapel sosiologi | 1 | 2020 |
| 30 | Lomba Neso mapel bahasa inggris | 2 | 2020 |
| 31 | Lomba Neso mapel ekonomi | 3 | 2020 |
| 32 | Lomba Neso mapel fisika | 3 | 2020 |